L’église paroissiale Saint-Jean-Baptiste d’Aiglun fut créée à la fin du XIe siècle par l’évêque et le chapitre de Digne. Elle consacra et pérennisa un site important, qui servait de nécropole pour les communautés voisines et prolongea la fonction funéraire du site qui servit encore de cimetière lorsque les habitants se regroupèrent autour du château et de la chapelle castrale, dans l’enceinte du Vieil Aiglun.

Saint-Jean perdit toute importance lorsque le cimetière fut incorporé au village, à proximité de l’église Sainte-Marie-Madeleine. Longtemps encore elle dut faire l’objet de processions notamment à l’occasion des fêtes de la Saint-Jean avant de tomber peu à peu dans l’oubli vers la fin du XIXe siècle.

Le plan de l’église était primitivement en croix latine. La nef, à cinq travées, était couverte d’une voûte en berceau sur doubleaux. Deux portes permettaient d’accéder aux bras nord et sud d’un faux transept. Les vestiges les plus remarquables restent ceux du mur sud. Très ruinée au cours du temps, la chapelle a fait l’objet de nombreuses rénovations qui en réduisirent les dimensions.

La voûte en cul-de-four de l’abside a été reconstruite à la fin du XVIIe siècle.
Participant de la restructuration du paysage, l’église est un monument remarquable qui témoignage de l’évolution économique et spirituelle de la région au moyen âge.